Pada awal abad ke- 20. Di desa Wonokromo, Surabaya. Tinggal seorang pemuda yang bernama Mingke, ia memiliki darah kebebasan yang tinggi.
Cerita yang berawal dari suurhod Mallema mengajak Minke untuk mengunjungi temannya yang bernama Robert Mallema, Suurhod menantang Minke untuk mendapatkan adik Robert Mallema. Sesampainya di kediaman Robert Mallema, Minke merasa diremehkan saat berkenalan dengan Robert karena tidak memiliki nama keluarga, setelah sesi berkenalan keluarlah dari pintu seorang Annalies, gadis yang sangat cantik. Ia mengajak minke untuk masuk ke rumah dan bertemu dengan mamamya seorang Nyai Ontosoro, setelah berkenalan dan berbincang singkat Minke berfikir bahwa Nyai adalah seorang pribumi yang tidak seperti pribumi.
Minke dan Annalies pergi berjalan ke kebun keluarga dan perternakan keluarga serta kuda, namun dijalan pulang, Minke mencium pipi Annalies dengan sadar yang membuat Annalies mengadu pada mamanya. Minke pikir dia akan kena marah oleh Nyai namun ternyata tidak, Nyai malah senang anaknya di cium oleh seorang Minke. Malam tiba saat melakukan makan bersama, datanglah seorang tinggi nan besar. Herman Mallema dari luar rumah dengan jalan sempoyongan, tiba- tiba mengusir Minke dan memaki monyet padanya. Nyai tidak enak hati kepada Minke dan memarahi suaminya.
Setelah kejadian itu Minke pulang ke rumahnya sendiri meninggalkan Suurhod yang masih berkeliaran dengan Robert. Minke pulang dengan dokar yang dibawa oleh Darsam, namun sebelum pulang Minke diminta oleh Nyai untuk mencium pipi Annalies sekali lagi. Selang beberapa hari pulangnya Minke, dia tidak pernah berkunjung ke Wonokromo hingga Nyai mengirim surat untuk dia berkunjung lagi ke sana. Minke dengan kebingungannya meminta pendapat kepada temannya Jean Maraist seorang pelukis asal Prancis, awalnya Jean Maraist meminta Minke untuk berhati-hati dengan Nyai Ontosoro dan Minke beranggapan bahwa ia telah diguna-guna oleh Nyai Ontosoro karena terus kepikiran. Namun Jean pun menyarankan untuk kembali berkunjung ke kediaman Nyai dan Annalies.
Namun tanpa diduga tuan Mallema ternyata sosok yang baik untuk Nyai, ia mengajarkan Nyai hal-hal dari bangsa Eropa. Namun kebahagian itu tidak berlangsung lama setelah munculnya Insinyur Maurits Mallema anak dari Amelia Mallema Hamers istri sah Tuan Mallame. Semenjak saat itu keadaan berubah, Tuan Mallema jarang pulang ke rumah, Annalies dikeluarkan dari sekolah, dan Nyai yang mengelola semua perusahaan seorang diri.
Setelah lima hari berkediaman di rumah Nyai, Minke diundang oleh Robert Mallema untuk berkunjung ke kamarnya hanya untuk mengobrol santai namun terkesan selalu meremehkan Minke. Annalies pun datang untuk menggiring Minke dari kamar Robert. Malamnya, Minke mendapat panggilan dari kantor polisi yang membuat Annalies dan Nyai khawatir, Minke pergi dengan pakaian yang telah disiapkan seadanya pada pukul dini hari. Lalu setelah matahari terbit, Nyai menyuruh Robert untuk mencari tahu tentang Minke yang di tangkap oleh polisi kota B.
Namun Robert malah berkunjung ke rumah Ah Tjong dan tidak pernah pulang lagi ke rumah. Sementara Minke berhadapan dengan ayahnya bupati Kota B. Dan meminta ampun pada bunda nya karena tidak pernah membalas suratnya. Minke diminta ayahnya untuk menjadi translator pada pesta pengangkatan ayahnya menjadi bupati. Banyak yang memuji keahliannya dalam berbahasa Belanda sehingga ia mendapatkan banyak undangan jamuan makan salah satunya dari Tuan Assisten Residen Herbert de la Croix. Minke pun menghadiri pertemuan tersebut dan menjadi tamu dari anak Tuan Assisten Residen Herbert de la Croix.
Alih-aLih menghadiri undangan lainnya, Minke malah meminta pulang ke surabaya oleh ayahnya, ia pun pulang menggunakan kereta di dalam kereta Minke merasa diawasi oleh si Gendut bertopi yang ada di seberang hingga Minke turun dari kereta. Si gendut itu berjalan duluan dan Minke menghampiri Annalies dan Darsam yang menjemput, Darsam membawa Minke dan Annalies tidak langsung pulang kerumah melainkan ke suatu tempat sunyi, dan si Gendut itu masih saja mengikuti, Darsam turun dan juga Minke diminta turun bersama Darsam ke suatu warung dalam hutan. Ternyata Darsam tersebut telah diminta Robert untuk membunung Minke. Minke pun kembali ke dokar namun bukan pulang ke rumah Nyai melainkan ke rumah Tuan Telinga.
Selama seminggu itu MInke sakit dan juga Annalies sakit hingga Nyai mengirim surat kepada Minke untuk menjunguk Annalies. Sesampainya di Wonokromo, Minke langsung menemui Annalies yang terbaring lemah sedang di periksa oleh Dokter Metinet. Dokter Martinet berpesan kepada Minke agar menjadi untuk Annalies dan Minke mengiyakan. Minke terus mengajak Annalies berbicara, hingga Annalies sadar. Keesokkan harinya, Hari pertama Minke kembali ke HOS setelah sekian lama cuti mendapat tatapan aneh dai siswa dan guru HOS kecuali Magad Peters, kelas berjalan seperti biasa, diskusi satsra pun dilakukan yang membuat identitas Minke sebagai penulis dengan nama Max Tollner telah di bongkar oleh suurhood.
Malam harinya Annalies meminta Minke untuk bercerita sesuatu dan Minke menceritakan cerita yang dikarangnya sendiri dengan posisi berbaring di samping Annalies. Paginya dokter Martinet kembali datang untuk memeriksa kondisi Annalies dan mengajak Minke menepi ke jendela untuk berbicara mengenai Minke dan Annalies. Nyatanya semalam Minke dan Annalies telah tidur berdua dan Annalies menceritakan bahwa bukan lah Minke pertama kali yang menjadi orang pertama namun Robert sang abang kandung, hal ini membuat Minke merasa sedih. Minggu cerah sang Darsam datang ke kamar Minke untuk diajari baca tulis namun Minke lebih ingin menceritakan tentang si Gendut yang ditemuinya beberapa hari yang lalu.
Darsam lalu berjaga jaga di depan rumah dan Minke melihat si Gendut itu di depan gerbang, Darsam mengejar si Gendut, Minke mengejar Darsam, Annalies mengejar Mine dan Nyai mengejar Annalies. sampailah mereka di rumah plesiran atau Suhian Ah Tjong yang dimasuki oleh si Gendut. Darsam memasuki rumah dari pintu belakang dan menemui Tuan Mallema telah terkapar di pojok dengan busa di mulut. Nyai mencari Ah Tjong namun tidak ada hasil, akhirnya Tuan Mallema di bawa pulang oleh Darsam. Kematian Tuan Mallema ini mengakibatkan Nyai, Annalies, Minke dan Darsam ikut bersaksi di pengadilan. Dengan keberanian Nyai dan kecerdasan Minke dapat memenangkan persidangan dengan Maiko dan Ah Tjong sebagai tersangka.
Setelah kemenangan dipengadilan, Minke banyak mendapatkan surat dari Mirriam, Sarah dan bunda. Semua mengucapkan selamat karena telah memenangkan pengadilan. Namun di dalam persidangan itu disinggung ranah Minke dan Annlies yang di jatuhi pertanyaan dengan siapa Annalies tidur. Hal ini menjadi perkara yang menjadi perbincangan oleh direktur HOS yang tidak lain adalah undangan pemecatan Minke dari HOS karena dianggap berbahaya bagi siswi HOS.
Namun hal ini tidak dibiarkan begitu saja oleh Magda Peters, Minke kemudian digarap kembali menjadi siswa HOS dengan syarat harus menjaga jarak dengan siswa siswi lainnya. TIbalah di pesta kelulusan siswa HOS dengan Minke menjadi lulusan terbaik pertama di Surabaya dan kedua di Hindia. Di perta itulah Minke mengumumkan undangan pernikahnya dengan Annalies. Pesta pernikahan yang direncanakan akan sederhana diubah menjadi besar karena undangan dadakan pada pesta kelulusannya.
Bunda Minke pun datang dari kota B ke Wonokromo untuk melihat anak kesayangannya mempersunting gadis cantik. Bunda membawakan kain batik untuk Minke dan Annalies, bunda yang mengurusi Minke sebagai hal terakhir yang bisa dilakukan untuk anaknya tersebut. Mereka dinikahkan secara islam dan berlangsung secara meriah. Satu demi satu mulai pamit namun terlihat batang hidung suurhod baru terlihat, ia membawa cincin lalu memakaikannya kepada Annalies dan mencium tangan wanita tersebut, benar dugaan Minke bahwa selama ini Suurhod menyukai Annalies namun Annalies tidak pernah membalas surat dari Suurhood.
Setelah pernikahan yang berbahagia itu, beberapa bulan mereka hidup dengan tenang, namun tiba-tiba Nyai dan Annalies kembali mendapat panggilan dari pengadilan putih, ternyata Amelia Mallema telah menggugat Nyai, anak dan seluruh hartanya akan direbut oleh istri sah almarhum suaminya itu. Annalies kembali sakit mendengar hal tersebut, Minke juga merasa keberatan karena pernikahannya dengan Annalies dianggap tidak sah dan Annalies masih dianggap gadis dibawah umur. Namun sekuat apapun Nyai melawan jika lawannya adalah Amelia Mallema yang menggunakan pengadilan eropa sana akan kalah. Annalies dibawa ke eropa, Annalies telah berjanji tidak akan kembali kepada ibunya dan cintanya. Minke cukup dipertemuan terakhirnya.
Nilai yang dapat diambil dari karya ini adalah adalah nilai sosial kemanusiaan dan pendidikan, yang menggambarkan adanya ketidakadilan pribumi dengan bangsa eropa, dimana pada masa itu pribumi selalu diremehkan sedangkan bangsa eropa di istimewakan. Serta dalam novel ini buah yang dapat kita petik adalah “ belajar tidak hanya ilmu pengetahuan tetapi juga dalam beretika”.